Разработана методика анализа пропорций инновационного развития в рамках линейной модели "наука-инновации-бизнес", и проведена ее апробация в разрезе видов экономической деятельности обрабатывающей промышленности России. Определены наукоемкие и лидирующие по объему инновационной продукции и затратам на инновации виды экономической деятельности. На основе анализа изменения инновационных пропорций за период 2006 - 2011 гг. выявлены факторы и механизмы, стимулирующие инновационные процессы и, напротив, приводящие к разрыву инновационной цепочки. Показано, что важнейшим фактором, нивелирующим проблемы и запускающим инновационный механизм, является государственная защита внутреннего рынка, обеспечивающая конкурентоспособность российских предприятий.